Penubuhan Koperasi di Sekolah Menengah Sains Labuan dilaksanakan setelah kajian dibuat dengan teliti dan bersungguh-sungguh oleh pihak sekolah. Kewujudannya adalah mengambil kira kepentingan dan kebajikan para pelajar ketika itu. Setelah didaftarkan dengan Jabatan Pembangunan Koperasi Sabah, koperasi sekolah ditubuhkan pada April 1989 dengan memakai nama Koperasi Sekolah Berasrama Penuh Labuan (SBPL) Berhad.
Keahliannya dibuka kepada guru-guru dan para pelajar Sekolah Berasrama Penuh Labuan. Kegiatan koperasi ketika itu telah dijalankan di blok Usaha berhampiran dengan pejabat am. Pada permulaannya aktiviti koperasi hanyalah tertumpu kepada penyediaan keperluan sekolah dan asrama pelajar. Memandangkan jumlah pelajar yang terdiri daripada tingkatan satu hinggalah tingkatan enam atas, memungkinkan Koperasi SBLP Berhad memperoleh Anugerah Koperasi Terbaik Sabah pada tahun 1995.
Perubahan demi perubahan telah berlaku terhadap sistem persekolahan SBPL sehinggalah pada 10 April 1997 telah ditukar nama kepada Sekolah Menengah Sains Labuan. Hanya pendidikan aliran sains sahaja dilaksanakan di sekolah ini dari tingkatan satu hingga tingkatan lima. Justeru koperasi adalah sebahagian daripada sekolah ia turut sama mengalami perubahan. Sekalipun kegiatan rutinnya tidak berubah namanya telah ditukar kepada Koperasi Sekolah Menengah Sains Labuan. Tempat operasi koperasi juga telah berpindah ke Blok Bengkel Kemahiran Hidup dengan ruangnya yang lebih luas dan dilengkapi dengan sebuah pejabat.
Sebagai memenuhi keperluan dan kebajikan pelajar, koperasi SMSL Berhad telah melebarkan sayapnya dengan membuka dua cawangan masing-masing; satu di asrama putera dan satu lagi di asrama puteri.
Pada Jun 2001, Koperasi SMSL telah mendaftar dan menjadi sebahagian daripada anggota ANGKASA. Banyak manfaat telah diperoleh setelah menajdi anggota ANGKASA dan ini terbukti dengan kejayaan dari sehari ke sehari Koperasi SMSL Berhad.
